小智跟山梨博士简单描述了一下情况后，一行三人朝着研究所走去。
然而等他们抵达山梨研究所时，研究所内一片狼藉。
看到这一场景，小智已然明白一切，这不就是三只神奥御三家干饭之际，山梨博士的几个助手一时不察，调皮的小火焰猴抢了那只倒霉企鹅波加曼的饭，并且对倒霉企鹅一顿挑衅，气得倒霉企鹅用泡沫光线进行攻击。
两小只引起的骚乱，让被研究中的姆克鹰和姆克儿感受到危险，最后打破玻璃逃离研究所，倒霉企鹅也追着小火焰猴往森林跑了。
而为新人训练家准备的御三家，就剩一只安静干饭的草苗龟在细嚼慢咽。
小光从那几个研究助理的口中得这事情的始末后，便自告奋勇要去找回波加曼和小火焰猴。
有热闹看，小智自然是不会错过的，也开口说要帮忙。
山梨博士见小智愿意出手，自然是没有任何意见。
就这样，小智和小光一起来到了山梨研究所后面的森林。
小智道：“小光，找回波加曼和小火焰猴的工作就看你了，我只会在危急关头才会出手帮你。”
小光自信道：“没问题，我一定行的，毕竟它们当中很可能会有我未来的搭档！”
两人还没正式走入森林，便看到了小火焰猴在一棵树上冒头了，没等小光有动作，倒霉企鹅波加曼从另一边窜出来，对着小火焰猴就是一发泡沫光线。
只是它的攻击很轻松就被小火焰猴躲过去了，在茂密的森林里，小火焰猴借用树木不断引诱波加曼往森林内走去。
愤怒的波加曼也没有一丝迟疑，追着小火焰猴跑了进去。
小智用波导锁定两小只，跟着小光追了上去。
小光追着追着便追丢了。
小智提醒道：“小光，左边。”
“波加！”
小光刚跑没几步，便听到了波加曼的求救声，等发现波加曼时，便看到这倒霉企鹅被一张蜘蛛网缠住了，一同被困住的还有不少野生神奇宝贝。
小光喊道：“波加曼，别怕，我来救你！”
正当小光要冲上去救波加曼时，隐藏在树梢上的阿利多斯，预判了一下小光的路线，喷出一枚臭泥爆弹。
“小心！”
小智闻声，赶忙将小光往后拉了回来。
臭泥爆弹落在地面上爆开。
看着眼前的爆炸，小光心有余悸地开口感谢道：“小智，谢谢你。”
“没事就好，你的对手是阿利多斯，接下来要小心咯！”
只是一只阿利多斯，小智还是没有出手的意思，毕竟这可是小光跟倒霉企鹅缔结友谊的最佳契机。
小光也明白这是小智对她的考验，她扫了一眼周围的情况，心底也有了主意。
在她的一番拉扯下，成功利用阿利多斯的臭泥爆弹，将被困的波加曼救下来。
也就在这时，小光和波加曼成功缔结羁绊。
不过刚救下波加曼的小光激动过头，直接滑下山坡……
小智看到这一幕，无奈摇摇头，“皮卡丘，你下去照看小光她们吧，伊布，那些野生神奇宝贝就靠你解救咯。”
“皮卡！”
皮卡丘化身黄色闪光窜下山坡追上小光。
“咿布！”
伊布跳起身，对着蛛网施展高速星星进行破拆。
被困住的野生神奇宝贝全被放了下来，但伊布的行为也吸引了大量阿利多斯的靠近。
十几只卓越级的阿利多斯，小智并没有放在眼里，“伊布，小刚没在，你揍轻点。”
“咿布！”（看心情！）
伊布说完，施展电光一闪冲进阿利多斯群，对着它们就是一顿胖揍。
只是单纯地揍还不过瘾，她还开启天王气场，对这群阿利多斯施压。
此时此刻，在这些阿利多斯的眼里，伊布就像张牙舞爪的魔鬼。
“……”
小智看着被伊布压迫得瑟瑟发抖缩成一团的阿利多斯，也陷入了沉默当中。
太残暴了！
与此同时，另一边。
小光拒绝了皮卡丘的帮助，在波加曼领悟到忍耐招式后，凭借她们自己的力量解决了围困她们的阿利多斯。
最后小光和波加曼来到了心齐湖。
也许是被小光和波加曼的情谊打动，隐藏在心齐湖内的艾姆利多在小光她们面前，显现出虚幻的身影。
皮卡丘见到艾姆利多的虚影，也是倍感惊讶，他能感受到艾姆利多身上有着神兽气息。
艾姆利多消失后，小光看到了那只小火焰猴被姆克鹰逮捕，正往研究所方向赶回。
正当她也想带着波加曼回去时，一张大网从姆克鹰它们身后飞来，将姆克鹰、小火焰猴、姆克儿三只神奇宝贝一网打尽。
小光疑惑地看向半空，“那是怎么一回事？”
“波加波加…”波加曼摇摇头。
看到熟悉的抄网，皮卡丘赶忙向小光一阵比划，“皮卡卡，皮皮～卡丘，皮卡皮卡！”（小光，是火箭队的笨蛋，要小心应付！）
“诶？皮卡丘，你知道发生了什么吗？”
皮语没入门的小光，完全没get到皮卡丘的意思。
下一秒。
火箭队的热气球出现在他们头顶。
喵喵兴奋地指着皮卡丘喊道：“找到了，找到了，是小鬼头的皮卡丘，喵！”
第一次看见喵喵的小光，惊叹道：“会讲人话的喵喵？”
“小丫头，你谁啊，喵？”喵喵疑惑地看向小光。
“先别管她是谁，总之趁现在小鬼头不在，我们先把皮卡丘抓起来，然后联同那两只鸟神奇宝贝，还有小火焰猴送给老大！”
小次郎再次掏出一个伸缩机械臂，对着皮卡丘发动攻击。
武藏也开口喊道：“小次郎说得没错，喵喵，一起动手！”
“波加曼用泡沫光线。”
波加曼打掉伸来的机械臂后，小光义愤填膺地质问道：“你们到底是什么人啊？为什么要对别人的神奇宝贝动手？”
“我听到有人说你们到底是谁啊。”
“来自地平线的那一边！”
“来自大霹雳的那一边！”
“传来了呼唤我们的声音。”
“让你久等了喵！”
“勇敢绽放的邪恶之花！”
“坚强又甜蜜的反派角色！”
“武藏！”“小次郎！”
“我是喵喵的喵喵！”
“有火箭队的地方，世界啊！宇宙啊！在等待着你哦！”
“索纳斯～～”
“nini~~”
没有小智冒头，三人组下意识地念叨开场白。
小光听完三人组的话，还是一头雾水，“火箭队是什么？”
“三个笨蛋而已，不用理会太多，皮卡丘用十万伏特送他们走。”
小智的声音从小光身后传来。
“皮卡…丘！！！”
皮卡丘对着得意忘形的三人组就是一发退场闪电。
轰！
“好讨厌的感觉啊！”
赶走火箭队，解救了姆克鹰它们后，小智他们便带着波加曼和小火焰猴返回研究所。
“诶，小智，火箭队到底是什么？”小光还是很纳闷三人组的来历。
小智道：“火箭队就是抢夺别人神奇宝贝的坏人，总之以后看到那三个笨蛋留点心眼就好。”
“哦！”
小光似懂非懂地点点头。
回到山梨研究所后，小光也做出了自己最后的抉择，挑选波加曼成为自己的初始神奇宝贝。