与此同时，乾隆皇帝下令释放了南疆回部首领大小和卓，希望能凭此来牵制阿睦尔撒纳，弱化南疆的叛乱势力。
阿睦尔撒纳方面，这位心怀异志的准噶尔大汗很快就发现他高估了自己的威望，许多准噶尔贵族并没有在他起兵后立刻前来归附，反而只是和阿睦尔撒纳虚与委蛇。
不仅如此，大量准噶尔的台吉、宰桑们相互攻伐，战乱不断，导致瘟疫横行，人畜大量死亡。
在这样的情况下，阿睦尔撒纳无力组织起大军和清军决战，只能一边利用骑兵的机动性骚扰清军，一边派遣使者和大清议和。
驸马策零出现了误判，两次以为阿睦尔撒纳真的要投降了，延误了进军时间，在兵力占据明显优势的情况下，却迟迟没有结束战争。
画面中，乾隆皇帝勃然大怒，眼神之中闪烁着寒芒，冷冷开口：
“这些该死的准噶尔人，朕已经给了他们那么多的恩赐和地位，他们宁愿选择阿睦尔撒纳和自立，都不愿意选择朕！”
“这一次，朕不会再给他们机会了。”
“传朕的旨意，让成衮扎布去换掉策零，重新调集精锐，进攻伊犁。”
画面一转，新的清军主力攻破了一座准噶尔人的城池。
清军主将，定边将军成衮扎布面无表情地开口：
“把城里所有高于车轮的准噶尔人都杀了，妇女和女童作为战利品，男童一律充当奴隶。”
在成衮扎布的身边，副将兆惠微微有些吃惊，道：
“大将军，真要屠城？”
成衮扎布表情没有任何变化，平静地开口：
“这是陛下的命令。准噶尔人已经和大清作战了近百年，这样的民族不可能再臣服我们了。”
兆惠身体微微颤抖了一下，明白了乾隆皇帝的意思。
既然大家都已经是死敌了，那就只能斩草除根！
兆惠点了点头，表情严肃地开口：
“我会亲自监督这件事情。”
画面中，无数准噶尔人横七竖八地倒在了清军的屠刀之下。
妇女和儿童哭泣着，在清军的监督下缓缓进入了战俘营。
被彻底激怒的乾隆皇帝，决心将准噶尔扔进历史的垃圾堆之中。
在北疆所有的城镇之中，准噶尔成年男子全部被屠杀，所有和准噶尔文明有关的事物全部被摧毁，准噶尔语言和文字也被禁止使用。
清军主力很快攻入伊犁城之中，阿睦尔撒纳被迫逃往西方的哈萨克汗国。
北疆平定之后，南疆的大小和卓又趁机掀起叛乱，打算建立一个回部王国。
清军第三次出征，以同样雷霆万钧之势扫平了南疆大小和卓的叛乱，同时也屠杀了南疆的准噶尔人。
根据某些历史书的记载，在乾隆皇帝三次平定准噶尔的战争中，近百万准噶尔人被屠杀殆尽，剩余的女人、孩子也逐渐融入了其他民族之中。
曾经主宰了漠西和西域的蒙古分支准噶尔族，就这么彻底地退出了历史的舞台。
从此以后，新疆形成了北疆各族杂居，南疆以畏兀儿人为主的居住形态。
乾隆皇帝又在伊犁设置了驻伊犁将军，设立诸多郡县，委任知府县令等官员，彻底掌控了整个新疆，将这片土地真正、完全地收回了大清手中。
这是华夏自大唐以后再度收回了新疆，也是有史以来华夏第一次以委任流官的方式治理西域。