平定西南叛乱汉武帝刘彻驾崩后，西南部分地区开始不服汉朝统治，多次发生反叛。始元元年（公元前86年）夏，益州等地二十四邑夷民反汉，汉昭帝遣水衡都尉吕破胡，率军迅速将其平息，划分河内归属冀州、河东归属并州。始元四年（公元前83年），西南姑缯、叶愉等夷民部落再次起兵反汉，昭帝复命吕破胡率军征讨。由于吕破胡此次未能迅速进抵益州，致益州太守被杀，死伤四千余人。
始元四年（公元前83年）冬，为平定反叛，西汉朝廷又命汉朝将军王平、田广明率部征讨，并调句町侯毋波的亲兵武装配合，至始元五年秋，汉军捕斩夷民三万余人，虏获牲畜五万余头，遂平益州郡，钩町侯毋波斩首捕虏有功，封为句町王，封邑句町国，享受国县并置的特殊待遇。
经济在武帝晚期，因对外战争、封禅等造成国力严重损耗，发布《罪己诏》，及时扭转了对国内外的方针政策。昭帝即位后，延续了武帝末期与民休息的政策，对内继续休养生息，多次下令郡国官员以劝勉农桑为首要政务，并躬耕于钩盾弄田、上林苑，示民从事农桑，调动农民的生产积极性。为了减免穷困百姓的负担，昭帝多次颁布了减免田租、口赋及其他杂税的诏令，凡遇郡国遭受水旱及地震灾害，当年租赋徭役皆免，并颁布“令民得以律占租”的法令，废除了律外苛税。
同时，采纳盐铁之议时，贤良文学的意见，停止了酒类专卖，免去酒类专卖官吏；并罢不急之官，体民间疾苦。在昭帝一系列措施下，汉武帝奢侈无度、连年征战所导致的“海内虚耗，户口减半”的形势终于得以显著扭转。因此，昭帝之世，“百姓充实，四夷宾服”。
在外交上，关于北方边境：昭帝一方面加强北方戍防，多次击败进犯的匈奴、乌桓等，另一方面重新与匈奴和亲，并派使者要求放回苏武等人，以改善双方的关系。西南边境：加封钩町侯毋波为句町王，使其掌管封地句町国，以稳定西南的政局稳定。西域方面：因龟兹、楼兰联合匈奴，杀汉使官，元凤年间，派傅介子出使大宛前去问责，使龟兹王和楼兰王服罪，并于龟兹斩杀了匈奴使者。
元凤四年（公元前77年），昭帝再次派遣傅介子前往楼兰，傅介子以发放汉廷赏赐为名，携带黄金锦绣至楼兰，于宴席中斩杀楼兰王安归，另立在汉楼兰质子尉屠耆为王，改国名为鄯善，迁都于扜泥城，成功解决了西域问题。
在文化上，
汉武帝时期创建太学，但规模很有限，只有几位经学博士（专掌经学传授的官员），到汉昭帝时增加到一百人。太学的兴立，进一步有效地助长了民间积极向学的风气，对于文化的传播起到了重大的推动作用，同时使大官僚和大富豪子嗣垄断官位的情形有所改变，一些出身社会下层的“英俊”之士，逐渐得到了入仕的机会。在对待秦朝的思想方面，西汉的官方历史意识，在汉武帝之后开始发生变化，从含糊的泛泛否定转而为总体否定，否定中不再包含肯定，对秦文明的分析态度开始消失，尤其体现在贤良文学者的议论中。
在桓宽《盐铁论》中，就有不少涉及批判秦文明的篇章：《诛秦》、《周秦》、《伐功》、《申韩》、《备胡》等。另外，昭帝时期还是汉代漆器生产的发达时期；元凤年间的沂水鲍宅山凤凰画像是现存最早的画像石；最早的完整箭支，也是昭帝始元六年（公元前81年）所制。
对于他，历史评价，班固：昔周成以孺子继统，而有管、蔡四国流言之变。孝昭幼年即位，亦有燕、盍、上官逆乱之谋。成王不疑周公，孝昭委任霍光，各因其时以成名，大矣哉！承孝武奢侈余敝师旅之后，海内虚耗，户口减半，光知时务之要，轻徭薄赋，与民休息。至始元、元凤之间，匈奴和亲，百姓充实。举贤良、文学，问民所疾苦，议盐、铁而罢榷酤，尊号曰“昭”，不亦宜乎！[
]曹丕：夫孝昭，父非武王，母非邑姜，体不承圣，化不胎育，保失仁义之德，佐无隆平之治，所谓生深宫中，长妇手矣，德与体并，智与性成。曹植：周公以天下初定，武王既终，而成王尚幼，未能定南面之事，是以推己忠诚，称制假号。二弟流言，邵公疑之，发金滕之匮，然后用寤，亦未决也。至于昭帝所以不疑于霍光，亦缘武帝有遗诏于光。使光若周公践天子之位，行周公之事，吾恐叛者非徒二弟，疑者非徒邵公也。且贤者固不能知圣贤，自其宜耳。昭帝固可不疑霍光，成王自可疑周公也。若以昭帝胜成王，霍光当逾周公邪？
李世民：昔汉昭帝之保霍光，魏太祖之明程昱，朕之不德，庶几于此。[]李德裕：①人君之德，莫大于至明，明以照奸，则百邪不能蔽矣，汉昭帝是也。周成王有惭德矣，高祖、文、景俱不如也。②使昭帝得伊、吕之佐，则成、康不足侔矣。苏辙：昭帝享国十三年，年甫及冠，功未有见于天下，其不及成王者亦远矣。天寿虽出于天，然人事常参焉。故吾以为成王之寿考，周公之功也；昭帝之短折，霍光之过也。司马光：以孝昭之明，十四而知上官桀之诈，固可以亲政矣。
钱时：昭帝甫十四而能明燕书之诈。昔人谓成王有惭德，固矣。虽然，昭帝止于昭帝，而成王进德，遂至学有缉熙于光明之盛。愚于此则深见，天姿虽美不足恃，而学问之功为大也。昭帝享国则固日浅，而成王复辟之年亦方弱冠耳。《洛诰》答周公之语，非大进所学有见于道，能为是言乎。因观三代而下，英君谊辟，非无刚明特达之才，而不能跻之二帝三王之盛者，皆由不学之故。非不学也，不以二帝三王之所学者为学也。非不学二帝三王之所学者也，无二帝三王之佐也。由是言之，成王虽疑周公而周公不负成王，昭帝虽不疑霍光而霍光则有负于昭帝多矣。
洪迈：汉昭帝年十四，能察霍光之忠，知燕王上书之诈，诛桑弘羊、上官桀，后世称其明。
父母父亲：汉武帝刘彻母亲：赵婕妤（钩弋夫人）
姊妹兄长戾太子：刘据，齐怀王：刘闳，燕剌王：刘旦，广陵厉王：刘胥。昌邑哀王：刘髆，姐妹鄂邑长公主（盖长公主）：汉昭帝的大姐,，汉武帝的大女儿，生母不详。卫长公主（当利公主）：汉武帝刘彻和皇后卫子夫的长女。诸邑公主：汉武帝与皇后卫子夫之女，与阳石公主同坐巫蛊之祸而死。石邑公主（一说阳石公主）：汉武帝与皇后卫子夫之女。夷安公主：汉武帝之女，生母不详，嫁汉武帝姊妹隆虑公主之子昭平君。
后妃皇后：上官氏，上官桀孙女，上官安之女，霍光的外孙女。妃嫔：周阳氏。
罢乐淋池，昭帝刚登基时，派人修造了一座淋池，方圆千步。池中栽植分枝荷，号为“低光荷”，池中又有“倒生菱”，池底的泥呈紫色，称为“紫泥菱”。昭帝非常喜欢淋池，常乘文梓之舟，通宵达旦地在这里游玩，并让宫女唱歌，其词曰：“秋素锦兮泛洪波，挥纤手兮折芰荷。凉风凄凄扬棹歌，云光曙开月低河，万岁为乐岂为多。”到了年底，很多大臣上表谏阻昭帝不要耽于享乐，昭帝接受了群臣规劝，不再贪恋享受。
亭台楼榭、鸾舟荷芰也随着时间推移以至朽烂湮灭。太液黄鹄，始元元年，昭帝八岁，有一只黄鹄（天鹅的一种）飞入建章宫内的太液池中，群臣都认为是瑞兆，便趁机为昭帝上寿。昭帝非常高兴，就赏赐诸侯、列侯和各宗室成员，并作歌吟唱，其词曰：“黄鹄飞兮下建章，羽肃肃兮行跄跄，金为衣兮菊为裳；唼喋荷荇，出入蒹葭；自顾菲薄，愧尔嘉祥。”
他的悲剧婚姻。
霍光掌握朝政大权后，昭帝在私生活上也受到了很大限制。昭帝十二岁时，纳年仅六岁的上官氏为皇后。不久发生辅臣争取，上官父子被诛，皇后因为年幼且是霍光外孙女未被废黜，但经此一变，汉昭帝对皇后越发冷落。其后，霍光为了让上官皇后获得专宠，增加怀孕几率，不许后宫妃嫔进御；并命令宫女穿“穷绔”（有前后裆、系带很多的一种内裤，不方便解开），以防范昭帝跟宫女偶生暧昧。但直到刘弗陵因病去世，上官皇后也未能生育子嗣。
刘据(生于公元前128年—卒于公元前91年)，汉武帝刘彻嫡长子，汉昭帝刘弗陵异母兄，母为卫皇后。刘据生于元朔元年(公元前128年)春，于元狩元年(公元前122年)夏立为皇太子。刘据成年后，汉武帝每每巡游天下，便以国事交付太子刘据。太子为政宽厚，屡屡平反冤案，深得民心。
征和二年(公元前91年)，刘据在巫蛊之祸中被江充、韩说等人诬陷，因不能自明而起兵反抗诛杀江充等人，汉武帝误信谎情，以为太子刘据谋反，遂发兵镇压，刘据兵败逃亡，最终因拒绝被捕受辱而自杀。冤案平反后，汉武帝建思子宫，归来望思之台以寄哀思。汉宣帝刘询继位后，为祖父刘据追加谥号曰“戾”，重修陵寝，供奉祭祀。
七岁而立，汉武帝刘彻即位之后的十余年里一直无子。建元二年，淮南王刘安来朝。太尉田蚡对淮南王刘安说：“皇帝没有太子，大王您是诸侯王里最有贤德的一位，又是高祖的亲孙子，一旦皇帝去世，除了大王您还有谁合适做天子呢！”[]直到元朔元年（公元前128年）春天，汉武帝宠幸的夫人卫子夫在生下三位公主之后，为时年29岁的汉武帝刘彻诞下第一位皇子，武帝异常欣喜。
当时朝堂中有两位善于写辞赋文章的官员分别是枚皋及东方朔，欢喜中的武帝便命令枚皋及东方朔作《皇太子生赋》及《立皇子禖祝》之赋；同时，为感谢上苍赐予他的第一位皇子，仲春二月，武帝修建了婚育之神高禖（句芒）神之祠以祭拜之。举朝臣子亦为这位迟来十余年的大汉皇长子的诞世而高兴。武帝为皇长子取名为刘据。
此时，因皇后之位已空缺一年有余，中大夫主父偃上书武帝，请立刘据生母卫子夫为皇后。同年春三月甲子日，汉武帝册立卫子夫为皇后，赦天下。刘据亦由庶长子身份变更为嫡长子。元狩元年（公元前122年）夏四月丁卯日，汉武帝将时年7岁的长子刘据立为皇太子，并大赦天下，同时下诏赐予朝中秩禄为中二千石的官员第11等爵——右庶长爵位，赐百姓中成为家长的人一级爵位。随后又派遣使者巡行天下，进行慰问与赏赐。
诏说：皇帝派专使赐各县里的三老、孝子每人五匹布帛；赏赐乡里的三老、爱护孩童者、努力耕田者每人二匹帛，三斤絮；赏赐年龄九十岁以上的老人以及鳏、寡、孤、独者每人二匹帛，三斤絮；赏赐年龄八十岁以上的老人每人三石米。
博望寄期，太子刘据稍稍长大后，汉武帝开始在群臣中为刘据甄选老师。刘彻在做太子时，景帝朝有一位以处世恭谨家教严明的大臣叫石奋，石奋15岁时开始侍奉汉高祖，景帝时已积功至九卿之位。因其一家父子四人皆为二千石之官，故汉景帝尊呼之为“万石君”。待到汉武帝立刘据为太子时，石奋已去世2年，而石奋最为恭谨孝悌的长子石建亦因父亲的去世过于悲痛在第二年离开人世。于是武帝最终遴选出万石君少子，时任沛太守的石庆作太子太傅。
此时，因汉武帝尊崇《公羊》学，故又派德高望重的文学之士辅导刘据学习《公羊春秋》（《公羊传》），《公羊》亦从此兴盛。待到刘据通晓《公羊》之后，喜欢《谷梁》而想学习，当时有一位专门研习《谷梁传》的学者瑕丘江公，与研习《公羊》的董仲舒齐名。于是刘据开始私下里向瑕丘江公受习《谷梁》。
继石庆之后，先后有严青翟、石庆之子石德任太子少傅，赵周、周勃之孙周建德、卜式任太子太傅。刘据成年后，按礼制迁往太子宫。作为太子行冠礼的礼物，武帝专程为刘据在长安城南，覆盎门（又称杜门）外五里，修建了一座苑囿，取广博观望之意，称为博望苑。虽然汉武帝本意不喜欢臣子结交宾，但却专修此苑赐予刘据，以作为其交往宾之用，并允许刘据可以依照自己的兴趣喜好行事。因此多有与当时主流政见不同的各类“异端”前来附于刘据门下。
而从后来的经历来看，刘据结交朋友颇有其父用人不问出身之风，他既结交织草鞋的平民百姓，门下也有敢仿朱亥的游侠作宾。居安思危，刘据性格仁慈宽厚、温和谨慎，武帝嫌他不像自己。后来武帝所宠幸的王夫人生了皇子齐怀王刘闳，李姬生了燕刺王刘旦、广陵厉王刘胥，李夫人生昌邑哀王刘髆，加之时光流逝卫皇后逐渐老去，武帝对皇后的宠爱逐渐衰退，因此皇后和太子经常有不安的感觉。
武帝感觉到此事后，对刘据的舅舅大司马大将军卫青说：“我朝有很多事都还处于草创阶段，再加上周围的外族对我国的侵扰不断，朕如不变更制度，后代就将失去准则依据；如不出师征伐，天下就不能安定，因此不能不使百姓们受些劳苦。但倘若后代也像朕这样去做，就等于重蹈了秦朝灭亡的覆辙。太子性格稳重好静，肯定能安定天下，不会让朕忧虑。要找一个能够以文治国的君主，还能有谁比太子更强呢！听说皇后和太子有不安的感觉，难道真是如此吗？你可以把朕的意思转告他们。”
卫青听完后叩头感谢，并转告卫皇后。皇后特意摘掉首饰向武帝请罪。后来每当太子劝阻征伐四方时，汉武帝就笑着说：“由我来担当艰苦重任，而将安逸的事情留给你，不也挺好吗?”